Das Zeichen des Makrokosmos
Bevor Faust das "Zeichen des Makrokosmus" (236) erblickt, spricht er von der magia naturalis, bewegt sich also in pansophischem Zusammenhang. (237) Albrecht Schöne spricht von Fausts "Hinwendung zur alternativen Wissenschaft[!] der Magie". (238) Das Zeichen ist nach dem Faust-Kommentar von Erich Trunz eine schematische Darstellung der Verbindungen zwischen Makro- und Mikrokosmos, aufgezeichnet in einem Kreis oder Quadrat. (239) Friedrich und Scheithauer beschreiben das Zeichen als Darstellung der umfassenden Ganzheit des Universums, als das Zeichen des Weltgeistes. (240) Ulrich 
Gaier sieht das Zeichen eher wie das auf dem Stich von J.H. Lips zur Ausgabe des Fragments von 1790, das einer Radierung Rembrandts folgt. (241) Auch Erich Trunz erwähnt diesen Stich. (242) Das Zeichen bestätigt zunächst Fausts Erwartungen, so daß dieser sich davon angesprochen fühlt:
"Ha! welche Wonne fließt in diesem Blick
Auf einmal mir durch alle meine Sinnen!"
"War es ein Gott, der diese Zeichen schrieb [...]?"
"Bin ich ein Gott? Mir wird so licht!
Ich schau' in diesen reinen Zügen
Die wirkende Natur vor meiner Seele liegen." (243)
Das Zeichen beschreibt das Universum, und Faust erkennt, indem er das Zeichen erblickt, daß alle Erkenntnis, nach der er sucht, bereits in ihm selbst vorhanden ist. Er als 
Mensch, als Mikrokosmos, ist ein Abbild des Universums, zwar verkleinert, aber genau dem Universum entsprechend. So formuliert Ernst Bloch in der Antiken Philosophie: "[...] dann ist es, als wäre der Mensch die verkleinerte Welt und die Welt der vergrößerte Mensch. Das heißt, wir kommen auf Mikrokosmos und Makrokosmos. Der Mensch ist ein Mikrokosmos und die Welt ist ein Makanthropos, ein
vergrößerter Mensch." (244) Agrippa beschreibt den Menschen ebenfalls "als das schönste und vollendetste Werk Gottes, als sein Ebenbild und als eine Welt im Kleinen" (245) Faust ist gottgleich. Und da Gott nicht außerhalb seiner Schöpfung steht, sondern ein Teil davon ist, ist Faust in diesem Sinne sogar selbst ein Gott. Noch einmal Agrippa: Der Mensch "begreift und enthält auch Gott selbst." (246)
Die pansophische Erkenntnis seiner Einheit mit dem Universum, mit der Schöpfung nützt Faust jedoch nichts, da er nicht in der Lage ist, das in ihm bereits vorhandene Wissen, die Einsicht in die Zusammenhänge der Schöpfung freizulegen und zu nutzen. Faust weiß mit dem Zeichen des Makrokosmos nichts anzufangen, da er nicht über die nötigen Voraussetzungen verfügt. (247) Vor allem hat er keinen festen Glauben, was eine notwendige Bedingung sowohl für seinen Schutz wie auch für das Gelingen der magischen Praxis wäre. Albrecht Schöne sieht in Fausts Ausruf "Und leider auch Theologie!" (248) das Zeichen eines "wissentlich vollzogenen Abfalls." (249) Nach Agrippa von Nettesheim ist es die "würdige Vorbereitung eines Menschen zu einer so hohen Kraft und Gewalt", die "das Prinzip und der Schlüssel aller magischen Operationen" (250) ist. Und es ist die Religion, die dem Magier die nötige Kraft gibt: "Die religiöse Übung hat keine geringere Wirksamkeit, und sie ist öfters sogar allein hinreichend, um uns göttliche Kraft zu erwerben." (251) Und weiter:
Wenn du nun ein im heiligen Verstande der Religion vollkommener Mensch bist, der fromm und standhaft der Religion nachlebt und ohne Zweifelsucht glaubt; wenn du ein solcher bist, dem die Autorität der Religion und die Natur vor anderen seine Würde verliehen haben und den die himmlischen Wesen nicht verachten: so wirst du durch Gebet, Heiligung, Weihung und Anrufung geistige und himmlische Kräfte anziehen, sie nach Belieben den Dingen eingießen und jedes Werk der magischen Wissenschaft dadurch beleben können. Wer aber ohne religiöse Autorität, ohne das Verdienst der Heiligung und des Unterrichts, ohne die Würde der Natur und Erziehung auf magische Weise zu wirken sich anmaßt, der wird ohne Erfolg arbeiten, sich selbst sowie die, welche ihm Glauben schenken, betrügen und überdies den Zorn des Himmels auf sich laden. (252)
Ulrich Gaier formuliert ähnlich:
Für sein Unternehmen der >weißen Magie<, mit dem er sich zunächst befaßt, beraubt sich Faust einerseits des Schutzes vor der Gefahr im Umgang mit dem Übermenschlichen, andererseits des Schlüssels zur vollständigen Eröffnung der überhimmlischen Einflüsse, Kräfte und Erkenntnisquellen. (252a)
Mit Faust stellt Goethe jedoch zu Beginn der Szene »Nacht« einen Gelehrten des Mittelalters vor, der sich im Übergang zur Neuzeit befindet: "Das verlorene Ich einer glaubenslosen, tief skeptischen Neuzeit betritt die Bühne." (253)
Faust hat weiter kein klar definiertes Ziel für eine Beschwörung. Er will lediglich nicht weiterleben wie bisher und "manch Geheimnis" (254) erfahren. Auch will Faust sofort zum Höchsten, Mächtigsten gelangen, ohne die Hierarchien der Geisterwelt zu berücksichtigen, wie sie Agrippa beschreibt (255), ohne das Buch des Nostradamus zuvor eingehender zu studieren. Er beginnt sofort mit dem Zeichen des Makrokosmos und geht im zweiten Schritt sogar schon zur Beschwörung des Erdgeistes über. So wirkt er bei der Ausübung seiner Magie wie ein "Zauberlehrling" (256) und stürzt sich selbstüberschätzend in die magische Praxis, ohne geistig und rituell die nötigen Vorkehrungen getroffen zu haben. Faust bekommt zwar eine Ahnung von den erhofften Einsichten, kann aber diesen Weg aufgrund seiner Verfassung, seiner Ausgangssituation nicht weitergehen. Er weiß sich den Geheimnissen, die hinter der Vorstellung des Zeichens stehen, nicht zu nähern, so bleibt das Zeichen des Makrokosmos für ihn "ein Schauspiel nur!" (257)
Agnes Bartscherer sieht, ähnlich wie Ulrich Gaier, Fausts Magie nicht als schwarze Magie, als Dämonen- und Teufelsbeschwörung, und wendet sich damit in ihrer Untersuchung Paracelsus und Faust gegen die mehrheitliche Ansicht der Faust-Kommentatoren ihrer Zeit: "Es lebt eben im Faustgedicht noch eine andere Magie als die auf Geisterbündnissen beruhende: die unmittelbare Erkenntnis der lebenden Natur, wie sie im Zeitalter Fausts die magia naturalis darstellte." (258) Ähnlich formuliert auch Erich Schmidt: "Er will das Unmögliche: den innersten Zusammenhalt und Ursprung der wirkenden Natur durchdringen. Seine Magie strebt nicht nach Teufelsbeschwörung und Höllenpakt, sondern nach mystischer Erkenntnis draußen im Freien." (258a) Diese Magie ist es nach Bartscherer, der Faust sich "ergeben" (259) hat, der er sich in seinem Eingangsmonolog zuwendet, angewidert vom herkömmlichen Wissenschaftsbetrieb. (260) Damit stellt Bartscherer magia naturalis und Wissenschaft, also die vier Fakultäten Philosophie, Jura, Medizin und Theologie, einander gegenüber. (261) Sie findet die Fakultäten auch bei Paracelsus erwähnt. (261a) Den Gegensatz von Magie und Wissenschaft sieht Bartscherer durch Paracelsus beeinflußt, der sich gegen die 'Bücherwissenschaften' ausgesprochen und das Wirken der Natur in den Vordergrund gerückt hat. (261b)
In einem weiteren Schritt bezieht sie auch die weiße Magie mit ein, "die noch weit mehr als die natürliche die Magia diabolica oder Zauberei ausschließt" (262). Sie faßt Fausts Ausspruch "Und leider auch Theologie!" (263) im Gegensatz zu Albrecht Schöne nicht als einen Abfall vom Glauben, sondern als Abwendung von der Kirche, vom orthodoxen Christentum auf. (264) Auch Paracelsus hat zeitweise jegliche Autorität der Kirche geleugnet und nur die Bibel anerkannt. (264a) Bartscherer sieht Goethes Faust also eng an Paracelsus angelehnt. Bartscherer faßt zusammen: "Dieser Mann aber [Faust] steht der christlichen Religion selbst nicht feindlich, nicht einmal fremd und gleichgültig gegenüber. Er ist Theosoph wie Agrippa von Nettesheim, wie Theophrastus Paracelsus, kein Aufrührer wider die Gottheit, kein Epikuräer wie der Faust der Sage." (265)
Faust deutet jedoch mit keinem Wort an, daß er die Schöpfung und damit Gott erkennen will, wie es Paracelsus und mit ihm die Pansophie beschreibt. Sein Erkenntnisstreben richtet sich vielmehr auf das Wirken in der Natur, auf das, "was die Welt/Im Innersten zusammenhält" (266). Es ist die magia naturalis, die Naturerkenntnis, der Faust sich zuwendet. Damit stellt er einen Gegensatz zwischen dieser magia naturalis und den althergebrachten Wissenschaften her. Allerdings hat die magia naturalis Fausts das, was Will-Erich Peuckert als Unterschied zwischen magia naturalis und moderner Naturwissenschaft herausgestellt hat, (267) nun mit letzterer gemein: die Geisteshaltung Fausts. Er, der sich eben von der Theologie abgewandt hat, will nicht Gott erkennen mit Hilfe der magia naturalis. Es ist das mechanische Weltbild, welches ihm vorschwebt: zwar Naturbetrachtung und "magische[n] Erkenntnis und Beherrschung der Natur" (268), ohne aber dabei hinter der Natur ihren Schöpfer zu sehen, (269) gleichwohl Faust sie als von Gott geschaffen und von Geistern belebt wahrnimmt. (270) Er nimmt Gott als gegeben hin, ohne sich weiter für ihn zu interessieren. Die magia naturalis aber ist pansophisch, d.h., sie hat Gott als ihr letztes Ziel. Deshalb muß Faust an ihr scheitern. Die magia naturalis Fausts erscheint hier nicht wie die des Paracelsus, eher noch wie die Agrippas. Aber noch mehr mutet sie hier modern an, als Vorstufe der modernen Wissenschaft. So sieht es auch Wilhelm Resenhöfft:
[...] es handelt sich um das Natur-Erkennen durch den analytischen Geist des Menschen, um nichts anderes als die moderne Naturwissenschaft, naturgemäss in der keimhaften Gestalt der Anfänge, aus denen diese erwuchs. [...] Für Faust kommt zum Erkennen die Kraft der geistesmächtigen Phantasie hinzu, die das Erkannte zu grossen Bildern zusammenschaut. (271)
Diese Wissenschaft aber könnte Faust nicht geben, was er sucht, ebensowenig kann es seine Magie. Erst das pansophische Element, das 'Gott erkennen Wollende', das Faust ausschließt, könnte ihm seine Einsichten verschaffen.
Ulrich Gaier sieht in seinem Urfaust-Kommentar einen anderen Grund für Fausts Scheitern: die gleichzeitige Anwendung zwei verschiedener Wege. Das 16. Jahrhundert stelle nach Gaier zwei Arten von Magie bereit: die "spirituelle Magie" (272), die pansophische (273), die die Kräfte der Planeten zugänglich macht, und die "dämonische Magie" (274), die Nutzung der Kräfte der in der Natur lebenden Dämonen. Das 18. Jahrhundert nehme die spirituelle Magie wieder auf, deute sie aber als "psychologische Magie" (275) im Sinne Emanuel Swedenborgs um. (276) Faust wende nun beide Wege an, den des 16. und den des 18. Jahrhunderts. Die Dämonenmagie Agrippas behindere die "psychisch-visionäre Magie des 18. Jh.s" (277), "umgekehrt schwächt die ständige Reflexion auf die eigene Befindlichkeit die Konzentration auf das heilige Zeichen" (278). Die nach außen wirkende Dämonenmagie und die nach innen gerichtete spirituelle Magie behindern, vereiteln sich nach Meinung Ulrich Gaiers gegenseitig, so daß Faust durch ihre Vermischung und gleichzeitige Anwendung scheitere.
Dagegen spricht jedoch, daß bei Agrippa die "spirituelle Magie" und die "dämonische Magie", wie Gaier sie für das 16. Jahrhundert beschreibt, beide in einem System zusammengefaßt sind und sich gegenseitig ergänzen und verstärken. (279) So kann auch die "psychologische Magie" des 18. Jahrhunderts kaum einen Gegensatz zur Dämonenmagie darstellen.